Ao longo da sua existência, a CSBJ tem vindo a adaptar-se e a reorganizar-se de modo a responder às crescentes necessidades e expectativas da comunidade envolvente e às diretrizes das políticas de Saúde Mental. Esta preocupação tem levado a Instituição a desenvolver e implementar uma série de projetos, alguns deles pioneiros a nível nacional, nas seguintes áreas: